Congés payés et CDD : le guide 2025
Comment fonctionne la subrogation employeur ?
Chloé Tavares de Pinho
Diplômée de l’INSEEC et de l’Université de Reims en droit des affaires.
Sous la direction de Pierre Aïdan, docteur en droit et diplômé de Harvard.
La subrogation employeur est une pratique utilisée en France dans le cadre du paiement des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). Ainsi, lors d’un arrêt maladie, le salarié reçoit ses indemnités journalières de son employeur plutôt que par la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM).
Comment fonctionne la subrogation employeur ? Comment la mettre en place au sein d’une entreprise ? Legalstart répond à toutes vos questions.
Mini-Sommaire
Qu’est-ce que la subrogation employeur ?
La subrogation, par définition, permet à un employeur de verser directement à l'employé les indemnités journalières qu'il aurait reçues de la Sécurité sociale en cas d'arrêt de travail pour maladie, accident du travail, ou congé maternité/paternité. En plus de cela, l’employeur verse un complément de salaire pendant l’arrêt maladie qui permet au salarié de parvenir à un salaire pouvant aller jusqu’à 100 %.
Concrètement, cela signifie que l'employé continue de recevoir son salaire ou une partie de celui-ci directement de l'employeur, au lieu de percevoir les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) de la part de la Sécurité sociale.
L’employeur, lui, se fait rembourser ce montant par la caisse primaire d’assurance maladie ensuite.
Il s’agit d’un procédé dérogatoire, car en principe, les indemnités sont gérées entre le salarié et la Sécurité Sociale, et que l’employeur n’intervient pas.
☝️ Bon à savoir : même en cas de subrogation par l’employeur, le délai de carence de 3 jours s’appliquent si la convention collective de l’entreprise le prévoit.
⚠️ Attention : si le maintien de salaire n’est pas prévu pendant l’arrêt maladie d’un salarié dans une entreprise, alors la subrogation ne peut pas être mise en place. Par contre, la subrogation n’est pas obligatoire en cas de maintien de salaire.
Quels sont les avantages et les inconvénients de la subrogation ?
En ce qui concerne la subrogation, iI existe plusieurs avantages et inconvénients pour l’employeur et l’employé.
Avantages de la subrogation
La subrogation présente des avantages à la fois pour l’employé, et pour le salarié. Ainsi, les avantages pour l’employé sont :
- bénéficier des indemnités plus rapidement ;
- toucher la totalité des indemnités (IJSS et complément de salaire) en un seul versement ;
- maintenir en partie ou en totalité de son salaire malgré un arrêt maladie ;
- simplifier les démarches administratives, car il n’a pas à gérer la demande d'indemnisation auprès de la Sécurité sociale.
Et les avantages pour l’employeur sont :
- gérer plus simplement la paie des employés en arrêt maladie ;
- mettre en place un avantage social supplémentaire pour les salariés de l’entreprise ;
- valoriser l’image de l’entreprise auprès des salariés et maintenir un bon climat.
Inconvénients de la subrogation
La subrogation présente de nombreux avantages, mais elle comporte également certains inconvénients pour l’employeur notamment :
- gestion administrative des démarches liées aux IJSS (calcul des indemnités, avance des indemnités au salarié, processus de remboursement par la Sécurité sociale) ;
- délai de remboursement des IJSS par la Sécurité sociale de 14 jours ;
- ou erreur de calcul des IJSS en défaveur de l’employeur (indemnité remboursée par la Sécurité sociale inférieure à celle versée au salarié).
Comment mettre en place la subrogation employeur ?
Pour mettre en place la subrogation employeur, deux conditions sont requises :
- le salaire continue à être versé en partie ou en totalité par l’employeur durant l’arrêt maladie de l’employé ;
- le salaire maintenu doit être au moins égal au montant des indemnités IJSS perçues par le salarié pendant cette période.
La mise en place de la subrogation se fait en plusieurs étapes :
- demande de subrogation de salaire ;
- versement du salaire maintenu au salarié ;
- remboursement des IJSS par la Sécurité sociale auprès de l’employeur.
Demande de subrogation de salaire
Lorsque l’employeur signale l’arrêt de travail dans la DSN (déclaration sociale nominative), il peut demander la subrogation de salaire en cochant :
- “subrogation” ;
- ou “demande de subrogation en cas de maintien de salaire”.
En plus, l’employeur devra indiquer :
- la date de début de demande de subrogation ;
- la date de fin de demande de subrogation (qui ne peut pas être la date de fin de l’arrêt de travail, le mécanisme de subrogation ne peut pas aller au-delà du versement de complément de salaire pour maladie) ;
- le numéro de compte bancaire sur lequel les indemnités journalières doivent être versées.
Versement du salaire maintenu au salarié
L’employeur verse le salaire maintenu au salarié. L’employeur doit faire figurer les indemnités journalières sur la fiche de paie lorsqu’il a recours au mécanisme de la subrogation de salaire. Il doit indiquer leur montant au niveau des “revenus de remplacement” après avoir calculé le montant de ces indemnités.
Pour que le salaire pendant l’arrêt maladie ne soit pas supérieur au salaire du salarié quand il travaille, l’employeur doit calculer le montant de la garantie du net. En effet, les IJSS ne sont pas soumises aux cotisations sociales. Le montant de la garantie du net est déduit du salaire brut.
Garantie du net = salaire brut - IJSS brut - salaire brut résiduel
📝 À noter : lorsque l’employeur procède à un maintien de salaire, il a le droit de demander une contre-visite médicale du salarié.
Remboursement des IJSS par la Sécurité sociale auprès de l’employeur.
Une fois la demande du subrogation, la CPAM verse à l’employeur les IJSS à la place du salarié dans les 14 jours suivants sa démarche.
FAQ
Quelle est la différence entre maintien de salaire et subrogation ?
Le maintien de salaire implique que l'employeur continue de payer le salaire intégral ou une partie de celui-ci à l'employé en arrêt de travail, sans se faire rembourser par la Sécurité sociale. La subrogation, en revanche, signifie que l'employeur avance les indemnités journalières de la Sécurité sociale à l'employé et se fait ensuite rembourser par la Sécurité sociale.
Comment faire figurer la subrogation sur la fiche de paie ?
Sur la fiche de paie, la subrogation doit être indiquée clairement. Il faut y mentionner le montant des indemnités journalières de la Sécurité sociale versées par l'employeur, ainsi que le montant net payé à l'employé après la subrogation.
Quelle est la durée de la subrogation ?
La durée de la subrogation dépend de la durée de l'arrêt de travail de l'employé. Elle est en vigueur tant que l'employé reçoit des indemnités journalières de la Sécurité sociale et que l'employeur continue de les avancer, dans le respect des conditions de la convention collective ou de l'accord d'entreprise.
Principale source législative et réglementaire :
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Chloé Tavares de Pinho
Diplômée de l’INSEEC et de l’Université de Reims en droit des affaires.
Sous la direction de Pierre Aïdan, docteur en droit et diplômé de Harvard.Fiche mise à jour le
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