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Fiches pratiques Gérer ses salariés Relations employeur / salariés Arrêt maladie : que doit faire l’employeur ?

Arrêt maladie : que doit faire l’employeur ?

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Pierre Aïdan

Docteur en droit et diplômé de Harvard.

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Lorsqu’un salarié envoi un arrêt de travail à son employeur, ce dernier ne sait pas toujours quelles sont ses obligations, ni ces droits en la matière. De plus, des formalités spécifiques sont à accomplir que ce soit pour le bon enregistrement de l’arrêt de travail ou le retour du salarié dans l’entreprise. Nous vous proposons donc de faire un point complet sur la gestion de l’arrêt de travail d’un salarié.

Mini-Sommaire

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie ?

Un arrêt maladie est une période durant laquelle un employé est officiellement reconnu inapte au travail pour des raisons de santé. Cette inaptitude est certifiée par un médecin.

L'employé doit informer son employeur de son incapacité à travailler et fournir un document officiel, appelé avis d’arrêt de travail. La durée de l'arrêt dépend de la condition médicale et des conseils du médecin. L’employeur doit entamer des démarches administratives. 

Bon à savoir : durant cet arrêt, l'emploi de l'employé est maintenu, le protégeant contre un licenciement injustifié lié à son état de santé. Ainsi, un arrêt maladie ne peut justifier un licenciement. Plusieurs arrêts maladie dans l’année ne peuvent pas non plus justifier une rupture de contrat.

Il existe toutefois des cas très encadrés dans lesquels un licenciement pendant un arrêt maladie est légalement possible que nous verrons un peu plus loin 

Par ailleurs, il faut distinguer l’arrêt maladie “classique” qui survient en cas de grippe, de dos bloqué ou de maladie plus grave du salarié mais non causée par l’exercice de ses fonctions au sein de l’entreprise, de l’arrêt maladie pour accident du travail ou maladie professionnelle. En effet, le fait que la cause de l’arrêt maladie provienne de l’activité professionnelle du salarié change à la fois l’indemnisation du salarié pendant l’arrêt, mais aussi les règles relatives à son retour dans l’entreprise.

À noter : un accident du travail est un événement qui survient pendant les heures de travail du salarié ou sur le trajet entre son lieu de travail et son domicile de manière soudaine. En revanche, une maladie professionnelle résulte d’une situation plus durable du fait des conditions de travail comme des postures spécifiques ou encore la manipulation de certains produits.

Arrêt maladie : quelles sont les démarches à effectuer par le salarié ?

Côté employé, plusieurs démarches sont à effectuer quand un arrêt maladie est prescrit :

  1. consultation médicale ;
  2. envoi de l’avis d’arrêt de travail.

Consultation médicale et arrêt maladie

Avant toute chose, un arrêt de travail pour maladie est prescrit par un médecin après consultation. C’est lui qui évaluera l’état de santé du salarié et déterminera s’il est apte ou non à travailler. Une fois cet arrêt prescrit, le médecin transmet un document appelé avis d’arrêt de travail (AAT) au salarié qui reprend les informations suivantes :

  • les coordonnées du salarié ;
  • les coordonnées de l’employeur ;
  • les renseignements médicaux (dates de l’arrêt de travail, sur cet arrêt maladie l’heure de sortie autorisée, etc.) ;
  • et l’identification du praticien. 

En pratique : le document formalisant l’arrêt maladie du salarié est envoyé par voie dématérialisée à l’Assurance maladie dans la grande majorité des cas. Quand cela n’est pas possible, comme en cas de consultation à domicile, le médecin doit obligatoirement complété le formulaire papier Cerfa sécurisé avec 7 points d’authentification (une étiquette holographique, de l'encre magnétique, etc.). Cette obligation est en vigueur depuis le 1er septembre 2025 (décret du 28 juin 2025 relatif à la transmission des avis d'arrêt de travail).

Envoi de l’avis d’arrêt de travail à l’employeur

L’avis d’arrêt de travail (Cerfa n°10170*07) comporte 3 volets. Ce document doit être envoyé sous 48 heures aux différents organismes concernés :

  • le volet 1 est destiné au service médical de la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) régionale ;
  • le volet 2 est destiné aux services administratifs de la caisse primaire d’assurance maladie régionale (sans données médicales) ;
  • le volet 3 est destiné à l’employeur (sans données médicales). 

Attention : si le salarié ne respecte par le délai de 48 heures pour la transmission de son arrêt maladie à son employeur, il peut faire l’objet d’une sanction disciplinaire voire d’un licenciement pour faute. Cela est d’autant plus vrai, si l’employeur l’a relancé plusieurs fois pour obtenir son AAT plusieurs fois, sans succès.

De plus, l’Assurance maladie peut notifier au salarié une retenue financière de 50 % de ses indemnités journalières, en cas de nouvel envoi tardif dans les 2 ans qui suivent le premier écart. 

Deux cas de figure peuvent se présenter :

  • le médecin ne remet que le volet 3 au salarié et transmet lui-même les volets 1 et 2 à la CPAM. Dans ce cas, le salarié doit envoyer dans les 48 h le volet 3 (sans données médicales) à son employeur ;
  • le médecin remet les 3 volets au salarié. Il doit de lui-même envoyer sous 48 h le volet 1 et le volet 2 (sans données médicales) au service médical de la CPAM régionale. C’est elle qui transmettra le volet 2 aux services administratifs. Le salarié devra également sous le même délai envoyer le volet 3 à l’employeur. 

Bon à savoir : si le salarié est au chômage et indemnisé, il doit également transmettre à la CPAM les 3 derniers bulletins de salaires antérieurs au chômage (ou des 12 derniers mois si l’activité exercée est saisonnière ou discontinue). Si le salarié est au chômage et non-indemnisé, il devra en plus envoyer une attestation sur l’honneur dans laquelle il précise la date de cessation d’activité salariée.

Arrêt maladie : quelles sont les démarches à effectuer par l’employeur ?

En cas d’arrêt maladie d’un salarié, l’employeur a lui aussi des démarches à effectuer :

  • dès le début de l’arrêt maladie ;
  • en cas d’arrêt prolongé au-delà de 6 mois ;
  • au retour du salarié.

Dès le début de l’arrêt maladie

Dès les premiers jours de l’arrêt de travail pour maladie, et le plus tôt possible, l’employeur doit établir une attestation de salaire du salarié. Pour cela, il doit avoir réceptionné l’arrêt de travail du médecin. Lors d’un arrêt maladie, l’attestation de salaire permet de déclencher le versement des indemnités journalières du salarié. 

L’attestation de salaire destiné à la CPAM suite à la réception d’un arrêt maladie doit mentionner les informations suivantes :

  • le nom, le prénom, le numéro de Sécurité sociale, l’adresse et l’emploi du salarié ;
  • la dénomination sociale, l’adresse, le numéro siret, et le numéro de téléphone de l’entreprise ;
  • la situation du collaborateur à la date de l’arrêt de travail ;
  • les informations relatives à la rémunération du collaborateur ;
  • les heures travaillées ;
  • la date du dernier jour de travail ;
  • la date de fin prévisionnelle de l’arrêt ;
  • les modalités de reprise du travail ;
  • les dates de subrogation, le cas échéant. 

Bon à savoir : en cas de prolongation de l’arrêt maladie, l’employeur n’a pas besoin d’établir une nouvelle attestation de salaire pour la CPAM si l’ensemble des conditions suivantes est rempli :

  • la prolongation a le même motif que l’arrêt de travail initial ;
  • la durée de l’arrêt de travail est inférieure à 6 mois ;
  • aucune interruption n’est observée entre l’arrêt de travail initial et la prolongation. 

Si l’arrêt maladie est d’une durée supérieure à 6 mois, une nouvelle attestation de salaire doit tout de même être faite, sauf si vous utiliser le service DSN. Dans ce cas, il vous suffit de changer la date de reprise sur la plateforme en ligne. 

Pour transmettre cette attestation, trois possibilités au choix s’offrent à lui :

  • la déclaration sociale nominative (DSN) qui permet de faire des déclarations dématérialisées, si l’entreprise utilise déjà ce service ;
  • l’envoi électronique via le site internet net-entreprises.fr.
  • l’envoi du formulaire Cerfa n° 11135*04 par courrier postal à la CPAM. 

Attention : l’employeur dispose d’un délai de 5 jours à compter de la date où il a connaissance de l’arrêt maladie pour transmettre l’attestation de salaire via la DSN ou net-entreprise. Il n’y a pas de délai imposé par la loi pour l’envoi de l’attestation de salaire par d’autres moyens. Cependant, il est préférable de le faire le plus tôt possible pour le salarié puisse percevoir ses indemnités journalières.

Les démarches de l’employeur en cas d’arrêt prolongé au-delà de 6 mois

Si l’arrêt de travail du salarié se prolonge au-delà de 6 mois, la date prévue de retour du salarié doit être modifiée dans le logiciel de paie si l’employeur a adhéré à la DSN. Si ce n’est pas le cas, l’employeur doit établir une nouvelle attestation de salaire. 

Bon à savoir : il est possible, pendant un arrêt maladie, d’accepter une rupture conventionnelle dès lors que l’employé a donné son consentement libre et éclairé. 

Au retour du salarié

Dès le retour du salarié à son poste, l’employeur doit déclarer sa reprise de travail. Si l’employeur a opté pour la DSN :

  • la reprise du salarié doit être signalée dans la DSN mensuelle si la date de reprise coïncide avec la date prévue initialement ;
  • la reprise doit être déclarée dans les 5 jours si la reprise a eu lieu plus tôt que la date prévue. 

Si l’employeur n’a pas opté pour la DSN, il doit déclarer le retour du salarié avant la date prévue de reprise, dans un délai de 5 jours. 

En pratique : toutes les informations liées à la reprise du salarié devront être conservées. Elles devront être présentées en cas de contrôle de l’Assurance Maladie.

La visite médicale de reprise est-elle obligatoire après un arrêt maladie ?

La visite médicale de reprise après un arrêt maladie n’est pas obligatoire dans tous les cas.

Dans quels cas la visite de reprise est-elle obligatoire ?

La visite médicale de reprise est obligatoire lorsque l’arrêt maladie est motivé par :

  • un accident d'origine non professionnelle ou maladie d'origine non professionnelle ayant entraîné un arrêt de travail d'au moins 60 jours ;
  • un acccident du travail ayant entraîné un arrêt d'au moins 30 jours ;
  • une maladie professionnelle, peu importe la durée de l’arrêt ;
  • un congé maternité.

Qui organise la visite de reprise et dans quels délais ?

La visite de reprise est organisée à la demande de l’employeur avec le médecin du travail du service de prévention et de santé au travail. Elle doit intervenir dans les 8 jours calendaires à compter de la reprise du travail du salarié. 

Le but de la visite de reprise est de s’assurer que le salarié est bien apte à reprendre les fonctions qu’il occupait au sein de l’entreprise avant son arrêt maladie, ou à défaut, de prévoir les aménagements nécessaires ou un reclassement si besoin.

Quelle est la durée maximale d’un arrêt maladie ?

Il n’y a pas de durée maximale pour un arrêt maladie. Néanmoins, la CPAM verse au maximum 12 mois d'indemnités journalières par période de 3 ans consécutifs au salarié en arrêt maladie. Toutefois, si le salarié soufre d’une affection longue durée (ALD), la durée maximale d’indemnisation est de 3 ans. 

À retenir : il faut bien distinguer la durée de l’arrêt maladie et la durée d’indemnisation par la CPAM.

Quelle rémunération pendant un arrêt maladie ?

Pendant un arrêt maladie, le régime d’assurance (CPAM, ou MSA - Mutualité sociale agricole) verse des indemnités journalières (IJ ou IJSS) au salarié. Elles sont versées sous condition de cotisations avec un délai de carence. Le montant des IJ va dépendre du salaire du salarié (articles L1226-1 à L1226-1-4 du Code du travail).

Quelles sont les conditions d’indemnisation du salarié en arrêt maladie ?

Pour que le salarié puisse être indemnisé pendant les 6 premiers mois d’un arrêt maladie, il doit remplir l’une des conditions suivantes au moment de la prescription de son arrêt de travail (articles R313-1 à R313-17 du Code du travail):

  • avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l'arrêt ;
  • avoir cotisé au cours des 6 mois civils précédant l'arrêt, sur la base d'une rémunération au moins égale à 1 015 fois le montant du Smic horaire fixé au début de cette période. 

Si l’arrêt de travail a une durée initiale de plus de 6 mois ou se prolonge au-delà de 6 mois, dans ce cas, le salarié doit remplir l’une des conditions suivantes :

  • justifier d'une affiliation à un régime de sécurité sociale (CPAM, MSA) depuis 12 mois au moins et avoir travaillé au moins 600 heures les 12 mois civils ou les 365 jours précédant l'arrêt ;
  • avoir cotisé, pendant les 12 mois civils ou les 365 jours précédant l'arrêt, sur la base d'une rémunération au moins égale à 2 030 fois le montant du Smic horaire fixé au début de cette période.

Comment sont calculées les indemnités journalières ?

Les indemnités journalières (IJ) sont calculées à partir du salaire journalier de base du salarié. D’où l’utilité de l’attestation de salaire fournie par l’employeur. 

Le montant des IJ est égal à 50 % du salaire journalier de base. Cependant, il existe un plafond maximum fixé à 41,95 € bruts par jour. 

En pratique : si le salarié est payé au moi, le calcul du salaire journalier de base correspond au au total des 3 derniers salaires bruts perçus avant l'arrêt de travail, divisé par 91,25.

Les indemnités journalières sont versées tous les 14 jours au salarié par la CPAM. Un relevé des IJ versées est également transmis à l’employeur.

L’employeur doit-il maintenir le salaire pendant un arrêt maladie ?

Dans certains cas, l’employeur verse également au salarié des indemnités complémentaires ou maintient intégralement le salaire durant l'arrêt maladie.

Ainsi, en cas d’arrêt maladie, l’employeur doit maintenir le salaire du salarié si l’ensemble des conditions suivantes est rempli :

  • avoir 1 an au moins d'ancienneté dans l'entreprise ;
  • avoir transmis à l'employeur le certificat médical dans les 48 heures ;
  • bénéficier des indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale ;
  • être soigné en France ou dans l'un des États membres de l'Espace économique européen (EEE) ;
  • ne pas être travailleur à domicile ou salarié saisonnier, intermittent ou temporaire. 

Bon à savoir : pour le maintien de salaire par l’employeur, un délai de carence de 7 jours s’applique. Les indemnités complémentaires versées par l’employeur commencent donc à courir à compter du huitième jour d’arrêt sauf dipositions conventionnelles plus avantageuses pour le salarié. Le délai de carence ne s’applique pas en cas d’arrêt maladie suite à un accident du travail ou une maladie professionnelle.

La durée et le montant du maintient de salaire par l’employeur dépendent de l’ancienneté du salarié au premier jour de son arrêt maladie. Voici un tableau récapitulatif : 

Durée d'ancienneté dans l'entreprise

Durée maximum de versement des indemnités

De 1 à 5 ans

60 jours (30 jours à 90 % et 30 jours à 66,66 %)

De 6 à 10 ans

80 jours (40 jours à 90 % et 40 jours à 66,66 %)

De 11 à 15 ans

100 jours (50 jours à 90 % et 50 jours à 66,66 %)

De 16 à 20 ans

120 jours (60 jours à 90 % et 60 jours à 66,66 %)

De 21 à 25 ans

140 jours (70 jours à 90 % et 70 jours à 66,66 %)

De 26 à 30 ans

160 jours (80 jours à 90 % et 80 jours à 66,66 %)

31 ans et plus

180 jours (90 jours à 90 % et 90 jours à 66,66 %)

 

À noter : si le salarié a déjà bénéficié d’un maintien de salaire au cours des 12 mois précédents, la durée de versement déjà effectué est déduite de la nouvelle période de maintien de salaire.

Enfin, pour déterminer le montant versé par l’employeur, il faut déduire le montant des indemnités journalières versées par la CPAM. Si les IJ viennent à être réduites, le montant à la charge de l’employeur reste inchangé.

Quels sont les droits de l’employeur pendant un arrêt maladie ?

L’employeur peut-il demander une contre-visite médicale ?

Oui, l’employeur peut demander une contre-visite médicale en cas d’arrêt maladie, mais uniquement dans les cas où il doit maintenir le salaire du salarié (article R. 1226-10 à R. 1226-12 du Code du travail). Un médecin indépendant est alors désigné pour procéder à une visite médicale dans le but de vérifier que l’arrêt de travail est bien justifié. 

C’est le médecin qui décide du lieu et du moment de la contre-visite. Ainsi la contre-visite peut avoir lieu au domicile du salarié ou au lieu de repos indiqué dans l’arrêt de travail initial, pendant les heures de sortie autorisées (entre 9h et 11h et entre 14h à 16h), et ce, sans que le médecin n’est besoin de prévenir à l’avance de sa venue. La contre-visite peut aussi avoir lieu au cabinet du médecin. Dans ce cas, l’envoi d’une convocation est nécessaire. 

Le médecin envoie ses conclusions à l’employeur et à la CPAM. S’il estime que l’arrêt maladie est justifié, il continue de produire ses effets. Dans le cas contraire, le salarié a l’obligation de reprendre le travail à la date indiquée.

L’employeur peut-il contacter un salarié pendant son arrêt maladie ?

L’employeur ne peut pas contacter le salarié en arrêt maladie pour lui demander de reprendre le travail. Cependant, il peut le contacter si cela est nécessaire à la poursuite de l’activité, notamment pour récupérer des codes d’accès ou des outils de travail mis à la disposition du salarié.

En pratique : si la cause de l’arrêt maladie est lié à l’environnement professionnel (burn-out, etc.), il est préférable de s’abstenir de contacter le salarié.

Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?

Le principe : l’interdiction du licenciement pour motif médical

Par principe, le licenciement motivé par l’état de santé d’un salarié est interdit. En effet, cela est considéré comme une pratique discriminatoire.

Les exceptions légales au licenciement pendant un arrêt maladie

Il est cependant possible de licencier un salarié maladie si son absence perturbe le fonctionnement de l’entreprise. Pour ce que motif de licenciement soit valable, deux conditions doivent être réunies. D’une part, l’absence prolongée ou répétée du salarié doit entraîner une désorganisaton. D’autre part, l’employeur doit obligatoirement remplacer le salarié licencié par un CDI. 

Attention : cette possibilité n’existe que si l’arrêt maladie a un motif autre que le manquement de l’employeur à son obligation de sécurité. Par exemple, ce motif de licenciement n’est pas envisageable en cas d’absence du salarié du fait d’harcèlement moral.

L’employeur doit respecter la procédure de licenciement pour motif personnel. De plus, il doit préciser dans la lettre de licenciement les éléments de perturbation du bon fonctionnement de l’entreprise du fait des absences du salarié. Il doit aussi mentionner la nécessité de le remplacer définitivement par un CDI. L’employeur doit alors versé des indemnités de licenciement et des indemnités compensatrices de congés payés au salarié licencié. 

Attention : si l’arrêt maladie du salarié survient suite à un accident du travail ou une maladie professionnelle, les seuls motifs de licenciement autorisés sont la faute grave du salarié et l’impossibilité de maintenir son contrat de travail pour un motif autre que l’accident ou la maladie.

Il est également possible de licencier un salarié en arrêt maladie pour motif économique sous certaines conditions et en respectant la procédure spécifique.

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